Научно-справочная библиотека НИЦ "Приходская история" насчитывает 8122 единиц книг и периодических изданий на русском, церковно-славянском, алтайском, английском, башкирском, белорусском, болгарском, вьетнамском, горномарийском, древнегреческом, испанском, итальянском, калмыцком, китайском, коми-пермяцком, латинском, марийском, монгольском, немецком, новогреческом, польском, румынском, сербском, удмуртском, украинском, французском, чешском и якутском языках, а также на диалекте курманджи курдского языка.
Особое значение имеют следующие книжные коллекции:
1. книги о храмах Москвы и Подмосковья (более 400 наименований)
2. книги о православных храмах России и иных стран (более 200 наименований).
Кроме того, НИЦ "Приходская история" располагает Электронной библиотекой, важной частью которой являются оцифрованные дореволюционные книги о храмах Москвы и Подмосковья (в современных границах). Это более 400 электронных книг.
В августе 2020 г. в библиотеке Научно-исследовательского центра "Приходская история" открыт Удаленный электронный читальный зал Президентской библиотеки им. Б.Н. Ельцина.
Удаленный электронный читальный зал создан в рамках Соглашения о сотрудничестве, которое было заключено между Президентской библиотекой имени Б.Н. Ельцина и Научно-исследовательским центром "Приходская история", в целях формирования единого информационного пространства в области истории, теории и практики российской государственности и русского языка как государственного языка Российской Федерации.